Sie wurde am Standort einer ersten Kirche ab 1765 erbaut.
Die Rohbauten wurden fristgerecht im Dezember 1767 fertiggestellt. Den Grundriss entwarf der versierte Architekt Franque, der sich für die Form eines griechischen Kreuzes entschied, was in Frankreich völlig neu war. Anscheinend haben nur einige Kirchen von Rom einen ähnlichen Grundriss. Seit 1934 ist die Kirche Saint Thomas denkmalgeschützt.
